Årsagen til Morbus Crohn er stadig ukendt, men det er påvist, at kroppens immunforsvar pludselig producerer et overskud af forskellige proteiner og signalstoffer, herunder T-celler (hvide blodlegemer), der normalt bekæmper fremmede bakterier og vira, men som i dette tilfælde vender den fjendtlige aktivitet mod kroppen selv, og forårsager en kronisk bakteriefri betændelsestilstand i mave-tarmkanalen, karakteriserende for Morbus Crohn.
Det er i kroppens infektionsbekæmpende T-celler, helt specifikt i TNF-alfa, et protein-molekyle, at noget går galt. Normalt er TNF-alfa en hel central del af menneskets immunforsvar og spiller en stor rolle i kroppens sygdomshæmmende processer.
Hos nogle mennesker, er TNF-alfa imidlertid af ukendte årsager fejlprogrammeret, således at de, frem for at angribe infektioner, begynder at angribe kroppens egne celler og væv, og kommer til at indgå i en sygdomsfremmende proces i stedet for det modsatte.
Det er med andre ord TNF-alfa, der er ansvarlig for sygdommens udbrud og mærkbare symptomer. Når immunforsvaret på denne måde retter angrebet imod kroppens egne celler, er der tale om et autoimmunt respons. Medicinsk behandling med biologiske lægemidler, er udviklet til specifikt at hæmme stigningen af TNF-alfa. Medicinen binder sig målrettet til de overskydende TNF-alfa, der hermed gøres inaktive, hvorved betændelsestilstanden hæmmes og symptomerne mindskes.